纽约州立大学石溪分校生物医学工程系研究生阶段开设有以下学位项目，分别是:
生物医学工程硕士（MS）该项目分为以下研究方向：通用、生物力学、生物信号、医学物理及分子生物工程。通用方向学生可以与自己的导师商讨，根据自己的兴趣而研究生物医学工程的任一领域。该项目有论文类和非论文类两种学习形式供学生选择，建议有志于从事实务工作（非研发类）的学生选择非论文形式，建议想要继续攻读博士学位，或在公司从事研发工作的学生选择论文形式。
生物医学工程博士（PhD）：申请者需具备生物医学工程理学硕士学位，其他理科硕士背景的学生只有特别优秀才能被录取。
9月开学，雅思6.5，托福85
| 课程名 | 英文名 | |
|---|---|---|
| 1 | 生物材料与生物医学力学 | Biomaterials and Biomechanics |
| 2 | 生物成像与分子成像 | Bioimaging/Molecular Imaging |
| 3 | 组织工程与再生医学 | Tissue Engineering/Regenerative Medicine |
| 4 | 生物纳米技术 | Bionanotechnology |
| 5 | 分子生物医学工程 | Molecular Biomedical Engineering |
| 6 | 医疗器械 | Medical Instrumentation |
| 7 | 生物医学建模 | Biomedical Modeling |
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