斯坦福大学生物工程系研究生阶段开设有以下学位项目，分别是：
生物工程硕士（MS in Bioengineering）：为期1年。学生将在导师指导下进行生物工程的重点领域的研究。不需要撰写毕业论文，侧重于定量生物学与生物系统分析。
生物工程博士（PhD in Bioengineering）：本科毕业生可直接申请，而已获得MS学位的学生，则可申请PhD项目并直接进入博士阶段的学习。要求学生递交GRE成绩，但并无最低GRE、GPA等分数要求。国际学生可获得为期5年的奖学金，平均每学期的stipend为9,200美金。博士生面试日期集中在1月底和2月初。
9月开学，托福100
| 课程名 | 英文名 | |
|---|---|---|
| 1 | 生物工程技术 | Measure |
| 2 | 生物制造 | Make |
| 3 | 生物工程建模仿真 | Model |
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