在推荐信中，满满的良好评价和夸赞是必不可少的，这不仅可以提高学生的申请成功，有些时候洋洋洒洒的夸赞和评价反而会让人质疑其的真实性。因此，毫无疑问，如何在推荐信中突出推荐学生的独立思考能力，是许多指导老师和写推荐信的专业机构需要考虑的问题。

首先，明确表达学生的思考逻辑和问题解决能力是关键。独立思考能力，不仅仅是看待问题的独立角度，更包括独立解决问题和理清思路的能力。表达这一能力，一方面可以写出学生独立分析和解决问题的例子；另一方面，也可以介绍学生如何在复杂的情况下保持冷静，独立思考，理清头绪。

其次，积极反应学生在科研项目中或课程学习的具体表现同样重要。具体的例子和经验，更能让人信服。指出学生在具体的科研项目中，如何通过独立思考推动项目的进展；或者在具体的课程学习中，如何通过独立思考理解和掌握知识的，都是很好的方法。

此外，通过特定事件描绘学生的独特观点和决策过程也十分有效。让人觉得学生的独立思考能力出众的，往往不是他的智力，而是他独特的看待问题的视角和解决问题的方法。因此，在推荐信中，讲述具体的故事，并描绘学生的思考过程，是比较好的策略。

在推荐信中突出这些方面，不仅对申请学生的录取结果产生积极影响，更能使录取官对学生的实际能力有更全面和深入的理解。当然也不能忽视其他的方面，如学生的学术热情，坚韧不拔的毅力，良好的团队合作精神等等，这些都是推荐信需要强调的。

综上所述，在撰写推荐信时，突出学生的独立思考能力的方式有很多，需要我们在写作过程中具体问题具体对待，因材施教。我们要用实实在在的事例去描述学生的独立思考能力，以此来提高他们被录取的成功率，让他们的优点得以体现，让他们在众多的申请者中脱颖而出。"